Protocolo experimental para la detección de genes de resistencia a antibióticos (ARGs) en muestras de agua de acuicultura mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR)

Alcance del dataset: El protocolo documentado en este dataset fue desarrollado y optimizado para la detección de los siguientes once genes de resistencia a antibióticos en muestras de agua procedentes de sistemas de acuicultura: aac(6')-Ib-cr, blaCTX, blaSHV, blaTEM, ermB, floR, intI1, qnrS, sul1, tetA y tetM. Metodología: El procedimiento experimental se basa en la extracción de ADN a partir de muestras de agua procedentes de sistemas de acuicultura utilizando el kit DNeasy PowerWater Kit (Qiagen), seguida de la amplificación de genes diana mediante PCR convencional.

El protocolo incluye la preparación de las mezclas de reacción de PCR, la selección de cebadores específicos para cada gen diana y la optimización de las condiciones de amplificación, incluyendo la temperatura de hibridación y la composición de los reactivos. Asimismo, se describe el análisis de los productos amplificados mediante electroforesis en gel de agarosa para verificar la correcta amplificación de los fragmentos esperados.

Esta metodología proporciona un procedimiento reproducible para la detección de ARGs en matrices acuáticas asociadas a sistemas de acuicultura.