Conserved hydrophilic checkpoints tune FocA-mediated formate:H+ symport (Zenodo 10.5281/zenodo.16939441)

Περιλαμβάνει όλα τα αρχεία εισόδου και διαμόρφωσης που απαιτούνται για την αναπαραγωγή των προσομοιώσεων μοριακής δυναμικής (MD) σε μεμβράνες πενταμερών FocA του E. coli, καθώς και την πλήρη ροή εργασίας ανάλυσης. Περιλαμβάνονται μεμβράνες που κατασκευάστηκαν με το CHARMM-GUI, αρχεία εισόδου/παραμέτρων NAMD 2.14 με χρήση του πεδίου δυνάμεων CHARMM36m και μοντέλου νερού TIP3, σκριπτ MODELLER AutoModel και μεμονωμένα PDBs, καθώς και σημειωματάρια Jupyter που εφαρμοζουν ρουτίνες MDAnalysis για παρακολούθηση κέντρου μάζας, ανάλυση επαφών και RMSD ανά κατάλοιπο (με εμφανή τα κελιά πρωτογενούς κώδικα). Οι τροχιές (.dcd) παραλείπονται λόγω μεγέθους, αλλά τα παρεχόμενα αρχεία εισόδου και σημειωματάρια επιτρέπουν την επαναπαραμετροποίηση και την επανανάλυση από νέες προσομοιώσεις. Σύνολο δεδομένων από την ερευνητική ομάδα του έργου Hot4cryo.

(Ινστιτούτο Χημικής Βιολογίας του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών (ΕΙΕ) σε συνεργασία με το εργαστήριο του Καθηγητή Παναγιώτη Καστρίτη στο Πανεπιστήμιο Martin Luther του Halle-Wittenberg). Τα δεδομένα είναι κατατεθειμένα στο αποθετήριο Zenodo (DOI: 10.5281/zenodo.16939441). Σχετίζονται με τη δημοσίευση: "Conserved hydrophilic checkpoints tune FocA-mediated formate:H+ symport" (doi:10.1038/s41467-025-65159-3).